Фонд на фондовете управлява средствата от 1.2 млрд. лева по четири оперативни програми: ОП “Развитие на човешките ресурси“, ОП “Иновации и конкурентоспособност“, ОП „Околна среда“ и ОП „Региони в растеж“. Основната дейност на Фонд на фондовете е структурирането и управлението на финансови инструменти, съфинансирани от Европейските структурни и инвестиционни фондове, през програмния период 2014-2020. Финансовите инструменти са алтернативен начин на финансиране на безвъзмездната помощ, който придобива все по-важна роля в бюджета на Европейския съюз. Насочени към проекти, които потенциално биха могли да започнат да се самоиздържат, те осигуряват инвестиционна подкрепа чрез заеми, гаранции или дялово участие. По този начин се оказва подкрепа на бизнеса и публичните институции с цел икономическо развитие. Финансовите инструменти дават възможност за възвръщане (рециклиране) на средствата, които могат да бъдат използвани повторно.

Финансовите инструменти (ФИ) представляват специализирани финансиращи схеми, съфинансирани със средства от Европейските структурни и инвестиционни фондове (ЕСИФ) и национално финансиране от Оперативните програми (ОП), както и с допълнително привлечени средства от частния и публичния сектор. ФИ целят по-ефективно използване на публичния ресурс, в сравнение с безвъзмездната финансова помощ (БФП), и осигуряват финансова подкрепа на целеви групи крайни получатели за осъществяване на икономически жизнеспособни проекти, като по този начин допринасят за преодоляване на идентифицирани несъвършенствата на пазара, както и за постигане на стратегическите цели и политики на ЕС. Финансовите инструменти играят още по-голяма роля в политиката на сближаване на ЕС през програмния период 2014-2020 г., и в бъдеще все по-голяма част от бюджета на ЕС да се заделя за ФИ.